Meja je malo katoličko selo na Kosovu, nekoliko kilometara sjeverozapadno od Đakovice. Na dan 21. travnja, tjedan dana prije pokolja, Oslobodilačka vojska Kosova je blizu središta Meje iz zasjede napala vozilo srbijanske policije.
Dana 27. travnja ujutro, srbijanske snage su napale selo Meja bez upozorenja, granatirajući i paleći kuće. Policija i paravojne jedinice su prodrle u selo i natjerale stanovništvo u blizinu škole. Iz mase mještana su izdvojili između 100 i 150 muškaraca starosti od 15 do 50 godina. Oni su kasnije podijeljeni u grupe od po 20 i strijeljani iz automatskog oružja, s „kontrolnim“ pucnjem u glavu.
Istovremeno, rano jutro istog dana, specijalna policija i paravojne jedinice, zajedno s Vojskom Jugoslavije, sistematski su protjerivali kosovske Albance iz područja između Đakovice i Junika, u blizini granice s Albanijom. Počevši od šest sati ujutro, snage sigurnosti prisilno su protjerivale stanovnike sela: Pacaj, Nivokaz, Dobraš, Šeremet, Jahoc, Ponoševac, Racaj, Dolosaj, Ramoc, Madanaj i Orize.
Vladine snage su opkolile sela, okupile stanovnike i protjerale ih putem prema Đakovici, neke u traktorskim prikolicama, neke pješke. Mnoga sela su sistematski spaljivana. Prema svjedočenjima, prilikom spaljivanja kuća je korišten i bacač plamena.
Mještani iz čitave oblasti primorani su da krenu putem za Meju. Policija Srbije je postavila kontrolnu točku u Meji na kojem je dočekivala izbjeglice iz okolnih sela. Mnogi policajci imali su crne maske. Na kontrolnoj točki u Meji policajci i vojnici su sustavno pljačkali protjerane mještane. Mnoge izbjeglice su policajci pretukli i prijetili im smrću ako ne daju novac i dragocjenosti
Istraživači Human Rights Watch-a, koji su rano ujutro 28. travnja dočekali izbjeglice s Kosova na graničnom prijelazu Morina, su vidjeli traktore s prikolicama na kojima su bile samo žene, djeca i starci. Ray Wilkinson, suradnik UNHCR-a, koji je na granici dočekivao izbjeglice, rekao je da je tog dana oko šezdeset traktora prešlo u Albaniju, i da je šest od sedam ljudi izjavilo da su s njihovih vozila skinuti neki ljudi
Mnogi svjedoci su odmah. a i kasnije tijekom svjedočenja rekli su da su vidjeli veliku gomilu tijela na oko tri metra od puta u središtu sela, s desne strane. Tijela, nabacana na gomilu, zauzimala su površinu od oko 12 puta 6 metara, a gomila je bila visoka oko metar i pol. Svjedoci su izjavili da su bili preplašeni i da ih je policija požurivala, što ih je spriječilo da pažljivije prebroje tijela ali procjenjuju da ih je bilo oko 300.
Tijekom poslijeratnih istraga u Srbiji, tijela najmanje 287 ljudi koji su u to vrijeme nestali iz Meje i okolnog područja kasnije su nađena u masovnim grobnicama u Batajnici, u blizini Beograda. Tijekom 2003. godine posmrtni ostaci 43 Albanaca pronađenih u masovnim grobnicama u Srbiji vraćeni su na Kosovo i pokopani u Meji. 2005. godine
Pokolj u Meji (albanski Masakra e Mejës) je bilo masovno strijeljanje u kojem je ubijeno 377 albanskih civila koje su srbijanske snage izvršile kao čin odmazde za petoricu srpskih policajaca koje je ubila Oslobodilačka vojska Kosova.
UNHCR je već 30. travnja 1999. objavio da posjeduje jasne dokaze kako su srbijanske snage u selu Meja ubile veliku skupinu albanskih muškaraca. Većina njih su bili Katoličke vjeroispovjesti. Sve izbjeglice koje su prošle kroz to područje, dolazeći iz različitih dijelova jugozapadnog Kosova, govorile su o tijelima koja leže po jarcima i poljima. Izbjeglice koje bježe s Kosova svjedočile su o nekoliko pokolja koje su počinile srbijanske snage, ali masovno ubijanje u Meji bio je najveći pojedinačni masakr.
Pripadnici vojske i policije su na kontrolnom punktu kod Meje izdvajali muške iz izbjegličkog konvoja a njihovim obiteljima su zapovjedili da produže prema Albaniji. Izdvojeni muškarci i dječaci su zatim streljani pored puta
To je najveći pojedinačni pokolj rata na Kosovu. Srbijanski izvori ,koji se bave zločinima na Kosovu registrirali su 377 žrtve tog zločina.